En cuanto al fondo del conflicto entre el Ejecutivo provincial y el organismo nacional, la fiscalía fue tajante: al tratarse de una disputa entre dos estados (Provincia vs. Nación), la justicia de primera instancia es incompetente. Bajo esta premisa, la fiscal Fernández Núñez dictaminó que la causa debe tramitarse bajo la competencia originaria de la Corte Suprema de Justicia de la Nación.
Además de la incompetencia territorial, la fiscalía rechazó el pedido de la provincia de frenar la intervención de forma inmediata. El argumento principal es que una medida cautelar de ese calibre agotaría el objeto del juicio de manera prematura, algo legalmente improcedente en esta instancia.
Tras este pronunciamiento, que llega luego de que el juzgado federal se negara a habilitar la feria judicial, la decisión final queda en manos del juez federal de Ushuaia. Si el magistrado acata el dictamen fiscal, la causa se desprenderá del tribunal local y la controversia se trasladará directamente al máximo tribunal del país en Buenos Aires.